主人公達は、墜落した「デルタ・ヴァリアント」の付近を、行動の“拠点”とすることになる。
拠点となる場所は、最初はただの荒れ地だが、ゲームを進めることで、冒険に必要な各種施設を建設できるようになる。

施設は惑星マキアに存在するエネルギー源「グラン」を消費して建築するため、自分のプレイスタイルに合った施設から建設することのがベスト。武器やアイテムを制作するショップの他、探索に有効な効果を発揮する施設なども建設できる。ゲームをある程度進めると、好きな場所に施設を建設・移動することができるようになるので、自分好みの拠点にカスタマイズすることが可能。同じ施設であっても、複数のデザインが存在するので、例えば和テイストな町並みを作ったりすることもできる。

施設紹介　※施設の一部です。

コスチューム

プレイヤーの衣装を作ることができる施設。 衣装の制作には素材が必要となる。衣装ごとに必要な素材の種類と数は異なるので、作りたい衣装の素材を冒険で集める必要がある。

武器ショップ

プレイヤーの武器を制作するための施設。レベルが上がることで、制作できる武器の種類が増える。同じ武器でも素材となる「コア」の能力によって、作られる武器の性能が異なる。

防具ショップ

プレイヤーの防具を制作するための施設。プレイヤーの防御力は「シールドユニット」を装備することで上昇する。レベルが上がることで、制作できる種類が増え、より高性能なシールドユニットを作れるようになる。

アイテムショップ

モノメイトやディメイトといった、各種アイテムを作ることができる施設。
武器や防具同様に、アイテムを制作するためにも素材が必要。レベルが上がることで制作できるアイテムの種類が増える。

クラスカウンター

プレイヤーのクラスを変更することができる施設。クラスには「ハンター」「レンジャー」「フォース」「バスター」の４種があり、ゲーム開始時に選んだクラス以外は、ここで変更が可能。クラスごとにレベルが存在するので、レベルを上げたいクラスで経験値を入手する必要がある。

人体を低温状態に保ち肉体の状態を維持する技術。特殊惑星探査隊は、ワープ接続できない宙域の移動などが長期間にわたる場合、クルーを活動停止状態にして各種物資を節約する。デルタ・ヴァリアントは、墜落した惑星マキア上で活動するにあたり、探索に必要なエネルギーや食糧問題等が解決するまで、必要最小限の人員のみを残して、大多数のクルーをコールドスリープさせることになる。
惑星マキアに存在する「グラン」を代替エネルギーとして活用する術を得た後は、集めたグランの量に応じてスタッフをコールドスリープから目覚めさせることができるようになる。戦闘員以外にも、長期間の惑星探査に必要な能力を持った、さまざまなクルーがおり、能力に応じた役割を与えてあげることが復興にあたっての重要なポイントとなる。彼らは個々に「特徴」を持っており、この特徴によって同じ役割を与えた場合でも、さらに上の能力を発揮することもある。

但し、コールドスリープシステムが一部破損していたため、任意のキャラクターではなく、目覚めさせる「クルーの種類」を選択することになる。ゲームのシステム的には、ゲーム中に手に入れたポイントを使用して解凍し、ランダムでキャラクターが目覚めることになる。

目覚めさせたキャラクターは、拠点に配置された施設の担当にすることで、施設の効果を高めてくれる。
所持する特徴に合致する役割を与えることで、冒険を有利に進めることができるようになる。

さらに、目覚めさせたキャラクターは、ルティナやセイルの代わりにパーティメンバーとして冒険に連れて行くことも可能。
戦闘に特化した特徴を持ったキャラクターであれば、戦闘が楽になるだろうし、好みのグラフィックのキャラクターを集めて、パーティを組んだりと、プレイヤーは自由にパーティを組んでクエストを楽しむことができる。 コールドスリープから目覚めさせることができるキャラクターは、総勢300体以上！